El apellido Agrati es de origen claramente toponímico y se vincula con localidades del norte de Italia. Según E. De Felice, se trata de un apellido lombardo, especialmente milanés, formado a partir de los topónimos Agrate Brianza (provincia de Milano) y Agrate Conturbia (provincia de Novara).

En la misma línea, E. Rossoni confirma esta interpretación, señalando que el apellido deriva de estos topónimos —lombardo en el primer caso y piemontés en el segundo— y que originalmente indicaba el lugar de procedencia del fundador del linaje.

En conjunto, ambas interpretaciones coinciden en señalar un origen geográfico preciso, donde el apellido Agrati identifica a personas provenientes de localidades llamadas Agrate, siguiendo un patrón muy común en la formación de apellidos en Italia medieval.