V. Blunda señala que el apellido procede del griego eygenès, "bien nacido, noble", donde la ípsilon griega se realiza como u. Se trata de un compuesto de eu-, "bien", y genes, "linaje". Según Blunda, el apellido surgió como cristalización del nombre de bautismo aplicado a un antepasado en la tradición hagiográfica bizantina, con presencia en Sicilia.

A. Bongioanni coincide en el origen griego con el sentido de "bien nacido" y destaca que el nombre fue llevado por veintitrés santos, entre ellos un papa del siglo VII. En el Friuli, las formas derivadas son Genét y Genuzio, siendo este último también nombre de pila, aunque prácticamente desconocido en esa región. Bongioanni menciona además las formas Genin y Geninatti, y el topónimo derivado Gignod, en la zona de Aosta.

Bongioanni observa que, por un cruce fonético entre eugeniu e ingeniu, se vinculan con este apellido las formas Ingegnóli —de la voz lombarda ingegnō— e Ingegnatti, documentado en la zona de Piemonte, aunque posiblemente no autóctono. Agrega el apellido Ingegneri —conocido por Angelo Ingegneri, amigo del poeta Tasso— y propone que podría existir un lombardo ingegnatt, análogo a ragionatt, con el sentido de "contador". La palabra "ingeniería" es de origen italiano y fue adoptada en casi todas las lenguas europeas. A modo de respaldo documental, Bongioanni cita un Incignatus usado como apellido en documentos de Lodi hacia 1387, y un Johannes Ingenerius que fue obispo de Capodistria entre 1576 y 1600.