Los autores coinciden en que este apellido es propio de la zona de Milano y su área de influencia, y que deriva de términos relacionados con el comercio: el latín mercator ("mercader"), que evolucionó hacia formas medievales como mercadore o mercante. En el siglo XVI el término había derivado en la forma mersator, antecedente de las variantes dialectales posteriores, y que el apellido es frecuente en la región de Brianza y zonas cercanas.

E. Rossoni precisa que la transformación en apellido puede rastrearse hacia el 1600 en Milano, y menciona como figura destacada al conde palatino y senador Desiderio Merzagora, fallecido el 3 de marzo de 1646. Ancestros Italianos, por su parte, sitúa a miembros de estas familias ya en documentos del siglo XIV en Milano, y alude a un Desiderio Merzagori como capitán del burgo de Monza en el siglo XVI.