Los autores coinciden en que el apellido deriva del topónimo Messina, ciudad del noreste de Sicilia, y que indica el lugar de procedencia de los primeros portadores. F. Miranda precisa el origen histórico del nombre: la antigua ciudad griega llamada Messenion o Messene, denominada así en honor de la Mesenia, patria de Anaxilas, tirano de Reggio que la conquistó en el 491 a.C. G. P. Holmes añade que el término griego messene, latinizado como Messana, significaba "curva, hoz" y, por extensión, "franja de tierra en forma de hoz", en referencia a la geografía del estrecho.

E. De Felice señala que del mismo topónimo derivan las variantes Messinése, Messinèo y Missinèo, estas últimas propias de las zonas calabresas de habla grica, donde el sufijo -èo proviene del griego -àios. Indica además que la forma Messinèo puede derivar también del topónimo homónimo de la provincia de Palermo.

E. Rossoni y Miranda coinciden en señalar que parte de la difusión del apellido se vincula con familias de origen judío. Tras el decreto de 1492 que obligó a los judíos a abandonar los territorios de la Corona española —que incluían Sicilia— o convertirse al catolicismo, muchas familias hebreas adoptaron nombres de ciudades comerciales como Messina o Genova para permanecer en la isla sin ser identificadas.

El apellido está presente en toda Italia, con gran concentración en Sicilia y núcleos relevantes en Lombardia, Campania, Piemonte, Lazio y Calabria.