Los autores consultados coinciden en que el apellido tiene su origen en un adjetivo étnico: scotus, término latino medieval que designaba al escocés, de manera similar a como franciscus significó primero "franco" y luego "francés". Esta base apelativa se usó inicialmente como apodo y con el tiempo se transformó en apellido.

Se registra documentación histórica temprana en los Actos del Ayuntamiento de Milano, donde aparecen las formas Scoto, de Scoto y Scotus acompañadas de numerosos nombres de pila medievales, lo que evidencia una presencia consolidada del apellido en esa ciudad.

E. Rossoni precisa que la variante Scotti es propia de Lombardia, con un posible tronco secundario en la zona de Napoli, y señala que los Scotti están documentados desde el siglo XII como familia noble en la zona de Piacenza. La variante Scotto, de origen ligur, presenta troncos secundarios en la zona de Grosseto y en la zona de Napoli. Rossoni también apunta como posibilidad alternativa la derivación por aféresis de nombres medievales como Brasco, Brunellesco, Fiesco o Fosco, o bien de indicadores étnicos como tedesco.