F. Miranda explica que el apellido deriva del nombre medieval Boninus, diminutivo de Bonus, que en el ámbito de los nombres de buen augurio asume el significado de "bueno", "de índole buena" o "virtuoso". Miranda señala también una segunda hipótesis que lo asocia a una raíz celto-germánica bun, con el sentido de "propietario" o "que tiene casa". Como ejemplos de su transformación en apellido, menciona al autor Boninus Mombritius en el siglo XIII y al literato Boninus de Boninis, activo en la segunda mitad del siglo XV en Verona.

G. P. Holmes, por su parte, ofrece una etimología distinta: considera el apellido como diminutivo del nombre propio medieval Bona, forma femenina del mismo étimo latino.

En cuanto a su distribución geográfica, Miranda indica que el apellido es poco frecuente y se encuentra disperso en algunas regiones de Italia, con presencia en Sicilia —donde registra su mayor concentración, especialmente en la zona de Catania, la zona de Messina y la zona de Enna—, así como en Lombardia, Piemonte, Calabria, Friuli-Venezia Giulia y Lazio.