E. Rossoni relaciona este apellido con el antiguo topónimo argelino Bugea, citado por Matteo Bandello en sus Novelle y documentado en los Annales Pisani del siglo XII, lo que indicaría la procedencia del antepasado desde esa ciudad norteafricana. Rossoni señala que Bugea es típico de la zona de Agrigento, en Sicilia. La variante Bugia, mucho más rara, presenta un núcleo en Palma di Montechiaro, también en la zona de Agrigento, y otro en Caltanissetta.

V. Blunda propone en cambio una etimología griega: deriva del nombre personal griego bycèas, paralelo al apellido Bucè que el mismo autor registra con étimo cercano. Según Blunda, la grafía italianizada resuelve la combinación yc griega como g, dando lugar a la forma Bugea a través de la transmisión familiar del nombre personal originario.

Ambas hipótesis coinciden en situar el apellido en Sicilia, aunque difieren en su punto de partida: Rossoni privilegia un origen toponímico relacionado con el norte de África, mientras que Blunda apunta a un étimo griego de carácter antroponímico.