Los autores difieren en la etimología. E. Rossoni propone que el apellido derivaría de un apodo de origen griego formado por la unión de kalos, "buena", y fatis, "fama", lo que indicaría que el fundador del linaje era un personaje de buena reputación en su comunidad. No descarta, sin embargo, que en algunos casos pueda derivar del oficio de calafateador.

V. Blunda se inclina directamente por esta segunda hipótesis: según él, el apellido procede del griego calafàtes, que designa al artesano que sella las junturas de las embarcaciones con estopa y brea, y habría funcionado como apodo de oficio aplicado al antepasado dedicado al trabajo náutico.

En cuanto a la distribución geográfica, Rossoni documenta la forma Calafato en la zona de Palermo, la zona de Trapani —específicamente Mazara del Vallo—, la zona de Agrigento —Palma di Montichiaro, Ravanusa y Licata—, la zona de Caltanissetta —Riesi— y en Napoli. Registra además la variante Calafati en la zona de Vibo Valentia, en particular en Cessaniti, dentro de Calabria.