B. Zuanella documenta el apellido a partir de un antiguo antropónimo, Cernè/Černè, atestiguado en los valles del Natisone durante los siglos XV y XVI en localidades como Azzida, Iainich y el valle del Judrio. En el siglo XVII aparece ya consolidado como apellido en Antro, Azzida, Montefosca, Montemaggiore, Pegliano y Masarolis, bajo las formas Cerne, Cerna y Cerno. Deriva del adjetivo esloveno č(e)rn, que significa "negro", con el sufijo -è, y en origen funcionó como apodo para un niño de cabello negro o tez oscura.

Zuanella detalla además una cadena de derivaciones: de la forma Č(e)rnè surgió, mediante el sufijo -ič, el patronímico Cernetič/Cernetig ("hijo de Černè"), conservado hasta hoy en el comune de Stregna; de este a su vez derivó la forma reducida Černèt/Cernèt, viva en Prossenicco y Montefosca. La forma Cerno se mantiene en Lusevera, en los valles del Torre. Del mismo adjetivo esloveno provienen también los apellidos Cernotta, Cernoia y Cernigoi.

E. De Felice coincide en señalar el adjetivo esloveno crn —pronunciado con r vocálica y equivalente a "negro, oscuro"— como base etimológica, e indica que, más raramente, puede intervenir también el término croata crn o crnac. Señala que el apellido es el equivalente funcional de los apellidos italianos Néri, Négri o Di Négro. De Felice sitúa su difusión en Friuli-Venezia Giulia, donde la forma base Cerne es especialmente frecuente en Trieste.