Los autores coinciden en que este apellido deriva del nombre personal Giglio (y su forma femenina Giglia), perteneciente al grupo de nombres formados a partir de flores con valor simbólico: el lirio, símbolo de candor y pureza.

E. De Felice señala que las formas con z- inicial reflejan la adaptación propia del Veneto, donde giglio adopta variantes dialectales como zégio, zéio y zéi. Indica además que las variantes Giglia, De Giglio, Gigliano y Gigliuto son propias del sur de Italia, mientras que las formas con z- son específicas del Veneto.

E. Rossoni añade que Giglia podría derivar también del topónimo antiguo Giglius, un territorio romano en Libia, y que Gigli podría vincularse asimismo a alguno de los numerosos topónimos italianos que contienen el término giglio. Según Rossoni, Giglia es originaria de la zona de Agrigento; Gigli está concentrado en el centro de Italia, especialmente en Marche y Toscana; y Giglio se encuentra difundido en el sur, con mayor presencia en la zona de Calabria y en Sicilia. Rossoni documenta además que hacia el 1500 se registra un Aloigi Giglio oriundo de Cirò, en la zona de Calabria, señalado como artífice principal del calendario gregoriano.