E. Rossoni señala que este apellido es característico del extremo oriental de las zonas de Mantova y Verona, así como del área de Ferrara. Propone dos hipótesis etimológicas: la primera lo deriva de un apodo basado en el término dialectal malgaudio, con el sentido de "disgusto"; la segunda, que considera más probable, lo interpreta como una forma alterada de Malagoli, a su vez variante dialectal medieval de un diminutivo del nombre Malachia, que habría evolucionado sucesivamente como Malachiolo, Malacolo, Malagoli, hasta llegar a las formas actuales Malagò y Malagodi. Esta última variante, muy rara, sería propia del extremo occidental de la zona de Ferrara.

F. De Laurentiis propone en cambio una base en el apodo malagode, que designaría a personas insatisfechas que no saben apreciar las alegrías, o bien a quienes se complacen en el mal ajeno.