Los autores coinciden en señalar un origen germánico para este apellido. E. Rossoni lo considera muy raro y lo ubica como característico del sur de Calabria, y vincula la forma Malgherini —también muy rara y posiblemente de Puglia— al nombre medieval Malgerius, atestiguado en el siglo XII en Puglia con el normando Malgerius d'Altavilla. Rossoni señala además que el apellido corresponde al francés Mauger (antiguamente Malgier), derivado de malgarius, término que designaba al "quesero" o "dueño de una malga".

V. Blunda lo considera de origen siciliano y propone una etimología distinta: el compuesto germánico Amal-Gari, formado por amal —referido a la dinastía amala, casa real de los ostrogodos— y gari ("lanza"), con el significado conjunto de "lanza de los amalos" o "lanza ostrogoda". Esta interpretación remite al mundo gótico que dominó Italia a partir del siglo V, encabezado por figuras como Teodorico el Grande.

Ambas lecturas parten de una base germánica común, aunque difieren en la región de origen —Calabria o Sicilia— y en la forma etimológica que postulan.