Según E. Rossoni, el apellido Messi tiene una distribución histórica bien definida en Italia, con dos núcleos principales que parecen haberse desarrollado de manera independiente. El primero se encuentra en Lombardía, en la comuna de Ponte San Pietro (provincia de Bérgamo), desde donde se difundió hacia Milán y al resto de la región. El segundo se localiza en Le Marche, especialmente en Macerata y Recanati, y desde allí se expandió a la vecina Ancona. La existencia de estos dos focos claramente diferenciados hace pensar que algunas ramas del apellido pudieron tener orígenes distintos. Rossoni vincula Messi, junto con Messo y Mezzi, al nombre personal germánico Metzel, introducido en Italia durante la Edad Media, lo que daría lugar a un apellido patronímico.

E. De Felice recoge otras hipótesis sobre su etimología. Una lo remite al nombre latino Messio, documentado en época medieval y portado por figuras como el impresor Girolamo Messio y el teólogo sienés Simone Messio. De Felice registra además una posible conexión con los Metzis, antiguo pueblo galo que dio nombre a la ciudad de Metz, en cuyo caso el apellido habría funcionado como gentilicio. Por último, contempla un origen ocupacional a partir del italiano messo ("mensajero, enviado, ujier"), del latín missus, participio de mittere ("enviar").

En cuanto a las formas afines, E. Rossoni señala que Messo es hoy un apellido prácticamente único, mientras que Mezzi es muy raro y presenta al menos tres áreas de concentración histórica: el Salento, la provincia de Parma y la parte alta de la provincia de Brescia.