Puede derivar del topónimo Mottola, en la zona de Taranto, o de un apodo relacionado con la característica colinar del terreno donde estaba ubicada la casa de la familia —una mottola, es decir, una suave colina—. La transformación en apellido está documentada en Afragola desde 1148, cuando un tal Petrus Mottola figura entre los propietarios de tierras. En Irpinia está documentado al menos desde el siglo XVII.