E. Rossoni señala que el apellido deriva del nombre latino Nanninus, documentado en la Historia Francorum, y que su transformación en apellido está registrada en Firenze en el siglo XVI, con el erudito Remigium Nanini de Florentia como testimonio concreto. Rossoni lo considera típico de la Toscana, con presencia también en la zona de Bologna.

F. De Laurentiis propone una explicación diferente para la base del nombre: según este autor, el punto de partida es Nanni, hipocorístico de Giovanni. Este nombre proviene del latín eclesiástico Iohanne(m), que a su vez adapta el griego Ioánnes, forma del hebreo Yohanan, interpretado como "Dios tuvo misericordia" —donde Yo- abrevia Yahvé y hanán significa "misericordia"—.