Los autores coinciden en que se trata de un apellido de origen toponímico, derivado del lugar llamado Perego, en la zona de Lecco (Lombardia). E. De Felice lo sitúa en términos generales en la alta Lombardia, vinculándolo con la provincia de Como. E. Rossoni precisa que su presencia se concentra en las provincias de Milano, Varese, Como, Lecco y Bergamo, y documenta su transformación en apellido desde el siglo XIII, cuando Leone da Perego ejerció como arzobispo de Milano entre 1241 y 1257. Rossoni también registra al notario Erasmo Perego de Barzanò en 1524, y menciona que en 1754 el escultor Giuseppe Perego fue contratado por la Fábrica del Duomo de Milano para crear la Madonnina que corona la aguja más alta de la catedral.

R. Brondolo propone una etimología diferente: el apellido procedería, por rotacismo —es decir, el cambio de una consonante por r—, del término pelago, con el sentido de "brazo de lago". Brondolo añade además una presencia del apellido en la zona de Tortona, en Piemonte, lo que sugiere un posible origen independiente en esa región.