Los autores coinciden en que este apellido deriva del nombre personal latino Bonifatius, forma augural del tardío Imperio romano compuesta por bonus ("bueno") y fatum ("destino, suerte"), con el significado de "que tenga un destino bueno, una buena suerte". Por etimología popular, la forma más difundida, Bonifacio, fue reinterpretada como "el que hace el bien", asociándola con facere ("hacer"). Su difusión se vincula al culto cristiano, especialmente a San Bonifacio mártir (14 de mayo) y San Bonifacio papa (25 de mayo).

E. De Felice y A. Bongioanni señalan que la forma popular véneta es Bonfà, de la que derivan variantes como Bonfádio, Bonfadini, Fadini, Fadelli, Bonifatti y Fattini. De la terminación -facio provienen Facini, Faccini, Faccioli y Facciolati; de -fazio, Fazi y Fazio. Ambos autores indican que el apellido es frecuente en el norte de Italia y esporádico en el centro-sur.

F. Miranda precisa que el apellido está presente en alrededor de 360 comunas de casi todas las regiones italianas, entre ellas Piemonte, Campania, Sicilia, Lombardia, Friuli-Venezia Giulia, Veneto y Lazio. En Sicilia aparece en todas las provincias, con zonas específicas de mayor concentración en las áreas de Catania, Agrigento, Messina y Enna.

La fuente Ancestros Italianos registra además variantes como Bonifazi, típica de Marche, Umbria y Lazio; Bonifazio, presente en zonas de Torino, Savona, Crotone y Sicilia; Bonifacino, frecuente en Savona; y Bonifacich, forma de influencia eslava documentada en Dalmacia. P. Lastrico confirma que Bonifazio y Bonifacio derivan directamente o a través de formas dialectales del nombre latino Bonifatius. S. Dedòla sugiere que en Sardegna el apellido podría relacionarse también con el topónimo Bocche di Bonifacio, que une la isla con Córcega.