Los autores difieren sobre el origen del apellido. E. Rossoni lo deriva del árabe khalifa, término que designaba al califa, es decir, al jefe supremo del territorio, el vicario del rey o el podestá. Según Rossoni, el apellido se concentra principalmente en la región de Campania, con presencia también en la zona de Potenza, en Basilicata, y en Roma, en el Lazio.

V. Blunda, en cambio, propone un origen griego: lo hace derivar de califanès, compuesto de la raíz kal-, "bello, hermoso", y la raíz del verbo "aparecer", con el significado de "que aparece resplandeciente". Según Blunda, el término funcionó como apodo aplicado al antepasado por su porte luminoso, y su área de difusión es Sicilia. La variante Alifano reflejaría una adaptación gráfica del mismo étimo.