E. Rossoni señala que Caputa es un apellido muy escaso, característico de la zona de Enna, en Sicilia. Lo vincula al término medieval caputa, que significa "cabeza" y, por extensión, "cabezón", documentado en el Codex diplomaticus Cavensis. Rossoni también relaciona con este mismo origen el apellido Caputano, bastante escaso y propio de Cava de' Tirreni, en la zona de Salerno, derivado de caputano, con el sentido de "puesto al mando" o "cabezón".

V. Blunda ofrece una perspectiva complementaria: considera Caputa un apellido siciliano de origen dialectal, derivado de la voz caputa, con el significado de "capacidad" o "cabida". Según Blunda, habría surgido como apodo aplicado a alguien reconocido por su capacidad de trabajo o solvencia económica, motivación poco frecuente en la onomástica popular siciliana, donde predominan los apodos de carácter físico. Blunda también señala que Caputa forma pareja con Caputo, ambos derivados del mismo radical léxico vinculado a la idea de cabeza y, por extensión, de capacidad o entendimiento.