Las obras consultadas concuerdan en que este apellido tiene raíces en la antroponimia clásica. E. Rossoni señala dos posibles orígenes: por un lado, derivaría del cognomen latino Libonius, documentado en el nombre del caudillo romano Lucius Scribonius Libonius, del siglo I a.C.; por otro, podría provenir del nombre griego Libon, que perteneció a un arquitecto del siglo V a.C. P. Lastrico coincide en estas dos hipótesis y señala que formas como Libone y Liboni pertenecen a la misma familia onomástica, aunque presentan distribuciones geográficas distintas.

Desde el punto de vista geográfico, Rossoni precisa que el apellido Libonati es propio de la zona limítrofe entre las áreas de Cosenza y Potenza, con presencia específica en localidades como Castrovillari y Spezzano Albanese —en la zona de Cosenza— y Rotonda y Viggianello —en la zona de Potenza—. Lastrico, por su parte, lo describe como un apellido meridional (del sur) concentrado en el área comprendida entre Basilicata y Calabria, lo que coincide en términos generales con la distribución señalada por Rossoni. En cuanto a las formas emparentadas, Rossoni indica que Libone parece originaria de la región de Basilicata, y que Liboni se distribuye entre las zonas de Rovigo y Ferrara, con un posible núcleo secundario en la zona de Verona.

Lastrico agrega que en Argentina se documenta la variante Libonatti, con doble t, que se consolidó como apellido independiente en América. Señala que no puede afirmarse que esta grafía haya surgido necesariamente por hipercorrección, sino que constituye una forma americana documentada, distinta de la forma italiana Libonati.