Las fuentes disponibles coinciden en que Magnotti es un apellido italiano poco frecuente, cuya etimología se relaciona con el grupo onomástico de Magno y Magnani. Sin embargo, cada fuente aporta perspectivas parcialmente distintas que conviene presentar por separado.

Según el análisis de Ancestros Italianos, la etimología admite dos hipótesis principales. La primera deriva el apellido del adjetivo latino magnus ("grande", "importante"), aplicado como mote o nombre augural a un antepasado distinguido por su estatura, su relevancia social o su carácter. La segunda lo emparenta con el vocablo dialectal del norte de Italia magnan ("calderero", artesano ambulante que fabricaba y reparaba calderas y utensilios de cobre), oficio muy difundido en la Italia septentrional durante la Edad Media, del cual derivaron los apellidos del grupo Magnani y Magnanini. El sufijo diminutivo -otti, de valor afectivo, designaría originalmente a los descendientes menores del grupo Magno o del clan de los caldereros. Esta fuente aclara que el apellido no figura como entrada autónoma en los repertorios onomásticos italianos clásicos, por lo que la etimología propuesta debe considerarse orientativa.

Ancestros Italianos señala además que la grafía Mañotti, habitual en los registros civiles argentinos, es una deformación fonética propia del español rioplatense: el dígrafo italiano gn —que representa el mismo sonido que la ñ española— fue transcripto directamente como ñ, dando lugar a una forma que se aparta de la grafía original italiana.

R. Sgaramella no dedica una entrada independiente al apellido, pero lo documenta al tratar Magnotta, donde cita a un Vincenzo Magnotti de Barletta en un registro de 1790, lo que permite trazar un vínculo documental entre Magnotti, Magnotta y Magno. Para este último, Sgaramella parte igualmente del latín magnus ("grande"), aunque también contempla nombres de lugar como Magno y San Magno como posible origen. La fuente sitúa el apellido con un núcleo en la región de Lombardia y otro en la región de Campania, además de presencias menores en otras regiones, aunque no explica el origen del núcleo lombardo.