Los autores difieren en cuanto al origen de este apellido. E. Rossoni propone dos líneas interpretativas: por un lado, una posible derivación del nombre de origen literario Maelgut, registrado en la Chanson de Roland; por otro, un origen en el apodo medieval Malacutus, atestiguado principalmente en la llanura baja de las zonas de Modena y Ferrara. De este último derivaría la forma Malacut(u)lus, que habría dado lugar al apellido Malaguzzi, predominante en la zona de Reggio Emilia. Rossoni sitúa el apellido en el área comprendida entre Modena, Bologna y Ferrara, dentro de la región de Emilia-Romagna.

F. De Laurentiis propone en cambio que la base del apellido es un apodo formado sobre malagola, es decir, "garganta mala" (del latín guttur), con alusión posiblemente a algún defecto físico o de expresión del portador original.

P. Canè ofrece una lectura de carácter más descriptivo: sugiere que Malaguti, al igual que otros apellidos que comienzan con mal-, podría responder a la costumbre de imponer apodos de tono negativo o burlesco, que con el tiempo se convirtieron en apellidos. En esa línea, interpreta el nombre como "mal agudo", con el sentido de "poco inteligente".