E. De Felice señala que este apellido deriva del nombre de pila Mercurio, bastante difundido en la Edad Media gracias al culto de varios santos que lo llevaron. Este nombre continúa el nomen latino Mercurius, tomado del dios del comercio, protector de inventores y mensajeros. Desde el punto de vista etimológico, se lo vinculó por paretimología con los términos latinos merx mercis ("mercancía") y mercari ("comerciar"), aunque De Felice considera probable un origen etrusco.

P. Durante, en cambio, propone un origen griego a partir de un nombre propio, sin ofrecer mayores precisiones.