Los autores coinciden en que este apellido deriva del latín paganus, término que en la Roma antigua designaba al habitante del campo o de la aldea (pagus). Con la expansión del cristianismo, la palabra adquirió un segundo significado: el de quien no profesaba la fe cristiana. Esta doble acepción —geográfica y religiosa— explica que, durante la Edad Media, paganus se empleara tanto como sobrenombre de valor religioso como apelativo aplicado a pueblos considerados externos al mundo cristiano.

F. Miranda señala que el apellido y sus variantes (Pagana, Paganello, Paganelli, Paganetti, Paganetto, Pagani, Paganin, Paganini, Paganoni) no excluyen una derivación toponímica a partir de alguno de los numerosos topónimos con raíz Pagan-, como la localidad de Pagani, en la provincia de Salerno. Miranda también indica que el apellido está bastante difundido en el sur de Italia, particularmente en Campania, Sicilia y Puglia, con zonas específicas en las áreas de Catania, Messina, Palermo, el Ennese y Caltanissetta, además de presencia en Lombardia, Lazio, Liguria, Piemonte, Toscana, Calabria, Emilia-Romagna y Basilicata.

Se considera que el apellido es de carácter panitaliano, con concentración histórica en el norte y centro de Italia —Lombardia, Emilia-Romagna y Veneto—, y que su uso como nombre personal está documentado desde época medieval en registros notariales y eclesiásticos, con formas como Paganellus o de Pagano, antes de consolidarse como apellido hereditario.